Au cours de sa formation footballistique, il côtoie trois clubs dont le plus renommé du pays, l’Ajax Amsterdam, avec lequel il clôt son apprentissage de 2011 à 2013. En 2012, Van den Boomen est sacré champion d’Europe avec les moins de 17 ans des Pays-Bas.
Van Den Boomen commence sa carrière avec la Jong Ajax, l’équipe réserve de l’Ajax, en . Il joue un total de quinze rencontres pour la réserve mais ne parvient pas à intégrer l’effectif professionnel.
Son avenir compromis à l’Ajax, Van den Boomen signe au FC Eindhoven à l’été 2014. Retrouvant la deuxième division, il s’impose rapidement dans l’effectif professionnel et dispute 37 matchs de championnat lors de la saison 2014-15.
Fort de cet exercice réussi, Van den Boomen rejoint le SC Heerenveen en 2015, club évoluant en Eredivisie, première division du pays. Le milieu achève la saison avec un but et trois passes en 23 matchs.
À l’été 2017, il revient au FC Eindhoven. Van den Boomen retrouve rapidement sa place de titulaire au sein de son ancien club. Sa saison 2018-19 est celle de la confirmation de son talent de passeur mais également de buteur avec onze réalisations et quatorze passes délivrées en championnat, faisant de lui le meilleur passeur de la saison.
Van den Boomen s’engage alors en faveur du De Graafschap le pour une somme de 300 000 euros. Toujours en deuxième division, le milieu continue d’enchaîner de solides performances individuelles et de faire briller ses coéquipiers, distillant ainsi neuf passes en championnat.
Le , Van den Boomen signe au Toulouse FC un contrat de trois ans pour un montant de 350 000 euros, prix de sa clause libératoire à De Graafschap.
Il marque son premier but face à l’AJ Auxerre en s’imposant 3-1 au Stadium lors de la cinquième journée de championnat de la saison 2019-2020.
Après un très bon début de saison 2021-2022 où il ouvre son compteur de passe dès le premier match contre Ajaccio. Il en est déjà à 4 buts et 8 passes décisives, ce qui fait de lui le joueur le plus décisif du championnat.
Branco Van Den Boomen devient vite un joueur apprécié et reconnu parmi les supporters Toulousain, aussi bien pour sa régularité et combativité sur le terrain que sa discrétion en dehors. En septembre 2021 il est désigné joueur du mois par 55% des supporters, il est également nommé “homme du match” à de nombreuses reprises sur le site indépendant lesviolets.com.
Doté d’une bonne qualité de centre et de passe, ainsi que d’une bonne vison du jeu, Branco est naturellement le dépositaire du jeu Toulousain. Les coups de pieds arrêtés sont sa spécialité : il est le tireur désigné des coup-francs et corners qu’il distille avec précision. Doté d’une belle frappe de loin et d’un naturel plutôt porté vers l’avant, Van Den Boomen est capable d’occuper tous les postes du milieu de terrain. Depuis presque une saison et demi, les scouts du TFC peuvent se féliciter d’avoir attirer dans leurs filets, ce joueur de 26 ans aussi grand (1,88m) que talentueux
